De Vaartkerk heeft een rijke geschiedenis die teruggaat tot 1932, toen in Eemdijk voor het eerst een Gereformeerde kerk werd gebouwd. Deze kerk, met 300 leden, kende een roerige start. Na de scheuring van 1944, waarbij 200 leden zich aansloten bij de Gereformeerde Kerk (vrijgemaakt), bleven 99 leden achter. Zij begonnen opnieuw in een oud schoolgebouw, zonder bijbels of collectezakken. Deze gemeenschap, bestaande uit 24 gezinnen en 99 leden, vormde het fundament van de huidige Vaartkerk. De eerste kerkenraadsvergadering werd gehouden op 17 oktober 1944, onder leiding van ds. M. Post.
De houten noodkerk
In de eerste jaren werd er zonder begeleiding gezongen, maar in 1947 kon men dankzij een nieuwe aanschaf genieten van een orgel. Het verlangen naar een eigen kerkgebouw groeide, en op 12 juni 1948 werd de eerste bouwcommissie opgericht. Al snel werd grond aangekocht, en op 18 augustus 1949 opende de houten noodkerk aan de Vaartweg zijn deuren. Dit bescheiden gebouw bood plaats aan 138 mensen, maar het groeiende ledental en de gebrekkige kwaliteit van het gebouw vroegen om meer.
De bouw van de Vaartkerk
In 1961 werd een nieuwe bouwcommissie aangesteld met als doel een permanent kerkgebouw te realiseren. Er werd flink gespaard en zelfs buiten de grenzen van Eemdijk, tot aan Veenendaal toe, werden collectes gehouden. Uiteindelijk werd in 1965 een schetsplan ontworpen door architect A.J. Graaff uit Santpoort. Zijn vernieuwende ontwerp, met driehoeken als verwijzing naar de Drie-eenheid, was creatief en smaakvol.
Op 4 juli 1966 werd de eerste paal geslagen, en op 15 oktober 1966 legde dhr. J. Huygen de eerste steen. Na zes jaar hard werk en dankzij steun van Stichting Steun Kerkgebouw (SSK), subsidies en de hulp van de moedergemeente Bunschoten-Spakenburg, was het zover: op 26 februari 1967 werd de Vaartkerk in gebruik genomen. Het moderne gebouw bood plaats aan 175 mensen, met ruimte voor 100 extra stoelen.
Een gemeente in beweging
De jaren daarna bleef de kerk zich ontwikkelen. In 1980 werd een prachtig glas-in-loodraam met de afbeelding van de wonderbare visvangst in gebruik genomen, geplaatst achter de kansel. Dit kunstwerk herinnert de gemeente aan het verhaal van Simon Petrus en Andreas die netten vol vis binnenhaalden.
Door de groei van de gemeente werden er in 1982 en 1987 uitbreidingen gerealiseerd, waaronder een vergaderruimte en een grotere entree. In 2007 werd een nieuwe ruimte toegevoegd met een keuken en toiletten, en in 2013 onderging de kerkzaal een grote renovatie. Moderne middelen, zoals een beamer en internetuitzendingen van de diensten, werden geïntroduceerd.
Een eigen predikant
Lange tijd werd de pastorale arbeid verricht door een pastoraal werker of een emeritus-predikant. De kerk is veel dank verschuldigd aan dhr. Korteweg, dhr. Kat, ds. Bredeveld en ds. Van der Meulen.
Gezien de groei van de gemeente en de toenemende zorg die een gemeente nodig heeft, is in de ledenvergadering van maart 1997 besloten om een eigen predikant te zoeken. In 1998 werd de eerste eigen predikant beroepen: ds. Van Elderen. Ruim twintig jaar heeft hij zich tot grote dankbaarheid toegewijd aan de gemeente. In 2020 nam ds. Van Elderen afscheid en deed de Vaartkerk weer een beroep op predikanten en pastoraal werkers uit de regio, zoals vroeger, Sinds 2022 kent de Vaartkerk weer een eigen predikant: ds. Rietveld-de Jong.
Driehoekige vormen
Het bijzondere aan de architectuur van de kerk zijn driehoekige en zeshoekige vormen die in het gebouw en het interieur verwerkt zijn. Ze verwijzen naar de diepere symboliek van het geloof. Met de abstracte, felgekleurde glazen lichtstroken van kunstenaar Joop van den Broek, straalt de kerk een moderne uitstraling uit die tegelijkertijd verweven is met traditie.
De Vaartkerk is door de jaren heen uitgegroeid tot een vertrouwde plaats van samenkomst en geloof in Eemdijk, en staat symbool voor de toewijding en gemeenschap van haar leden.